The Barcelona Debates on the Human Microbiome 2024

Clàudia Arajol és metgessa especialista del Servei de l’Aparell Digestiu i de la Unitat de Malaltia Inflamatòria Intestinal de l’Hospital Universitari de Bellvitge, Hospitalet de Llobregat, Espanya.

Adam Burgener és professor al Centre de Salut Global i Malalties de la Case Western Reserve University. El tema central del programa de recerca del Dr. Burgener és entendre els mecanismes de l’hoste i dels microorganismes que són importants per a la immunitat mucosa i la susceptibilitat a les malalties. El seu laboratori ha desenvolupat tècniques de biologia de sistemes basades en espectrometria de masses per estudiar les barreres mucoses que juguen un paper clau en les respostes de l’hoste al VIH. Actualment, el seu laboratori lidera dos projectes d’equip finançats per l’Institut Canadenc d’Investigació en Salut, un per estudiar el microbioma en la transmissió i prevenció del VIH, i l’altre per entendre el microbioma en la progressió de la malaltia del càncer de coll uterí. També co-dirigeix altres estudis finançats per l’NIH sobre la transmissió i la patogènesi del VIH.

Malu Calle és la Degana de la Facultat de Ciències, Tecnologia i Enginyeria de la Universitat de Vic – Universitat Central de Catalunya. És Catedràtica de Bioestadística i Bioinformàtica i líder del grup de recerca en Bioinformàtica i Bioimatge (Bi-squared group) de la Universitat de Vic. Les seves principals àrees de recerca són la genètica estadística, l’anàlisi de dades òmiques, l’anàlisi de dades de microbioma i l’anàlisi de supervivència. Treballa en el desenvolupament de nous mètodes per a la descoberta de biomarcadors, la identificació de perfils de risc genètic i la construcció de models dinàmics de predicció i pronòstic de l’evolució de malalties. Les seves contribucions inclouen enfocaments innovadors per a la integració de dades multiòmiques i l’anàlisi de dades composicionals en metagenòmica. Anteriorment va ser Cap del Departament de Biociències (2018-2022), presidenta del Màster de Ciències en Anàlisi de Dades Òmiques (2012-2020), Presidenta i Vicepresidenta de la Regió Espanyola de la Societat Internacional de Biomètrica (2012-2013 i 2014, respectivament).

El Dr. Fernández-Real va rebre els seus títols de M.D. i Ph.D. a la Universitat de Barcelona, Espanya. Des de llavors, ha estat investigant en inflamació crònica, metabolisme del ferro i resistència a la insulina. Ha publicat 389 articles indexats a PubMed, dels quals 102 com a primer autor i 118 com a últim autor (autor corresponent). És investigador principal de més de 20 projectes competitius nacionals i internacionals (de manera contínua des de 1993) i és un antic membre del Consell Editorial de Diabetes Care i Clinical Chemistry, entre d’altres. Va ser un dels primers autors a proposar la inflamació crònica de baix grau en la fisiopatologia de la diabetis tipus 2, l’obesitat i la resistència a la insulina, així com les reserves de ferro com a component del síndrome metabòlic. La interacció del microbiota amb tots aquests elements també és una línia important de recerca. Recentment ha estat convidat a parlar sobre la seva recerca a la Reunió Anual de l’American Diabetes Association (San Francisco 2015), l’Endocrine Society (Boston 2016) i l’American Society of Nutrition (San Diego 2016), a més de conferències convidades en reunions de l’European Association for the Study of Diabetes (Lisboa 2011), Endocrinologia (Budapest 2012), Obesitat (Sofia 2014) i Nutrició (Praga 2016). Actualment és professor associat a la Facultat de Medicina (Universitat de Girona), Director de Recerca al Departament d’Endocrinologia, i Director Científic del “Fat Bank”, un biobanc nacional especialitzat en mostres de teixit adipós. És investigador principal i membre del Comitè Directiu del CIBERobn, una xarxa d’excel·lència en la recerca de l’obesitat a Espanya.

Professora de Microbiologia a la Universitat de Girona (Departament de Biologia) i Investigadora Principal del grup de recerca ‘Microbiologia de la Malaltia Intestinal’ a la mateixa universitat. Està interessada en l’estudi del microbiota intestinal humà en el context de les malalties amb l’objectiu de trobar noves eines de diagnòstic i pronòstic, així com nous objectius per a futurs tractaments. S’ha centrat particularment en el paper patogènic de les poblacions d’E. coli en la malaltia de Crohn.

Treballa com a metge especialista al Departament de Salut Mental de l’Hospital Universitari Vall d’Hebron des del 2007. És la coordinadora del programa de Depressió resistent al tractament i lidera la Unitat Cervell-Immune-Intestí en el mateix departament. Va realitzar el seu doctorat en pacients amb trastorns gastrointestinals funcionals i comorbiditats mentals el 2017. Els seus interessos clínics comprenen els trastorns psicosomàtics i de l’estat d’ànim (depressió, depressió resistent al tractament) amb comorbiditat mèdica. Els seus focus de recerca corresponents són el paper de l’eix cervell-immune-intestí en pacients depressius amb i sense comorbiditat mèdica. Per abordar aquestes qüestions, ha estat involucrada com a investigadora col·laboradora en subvencions governamentals competitives com “Neurofisiologia i neurofisiologia digestiva” (SAF 2013-43677-R i SAF2016-76648-R, Ministeri d’Economia i Competitivitat). Forma part de l’equip de coordinació i és líder del WP en el projecte H2020-SC1-2019 DISCOvERIE (pressupost total de 6.000.000 €) per estudiar el paper de l’eix cervell-intestí en la comorbiditat entre depressió/ansietat i malalties no mentals. Creu apassionadament que la investigació ha de ser col·laborativa. És investigadora de CIBERSAM. Ha publicat el seu primer llibre titulat “Siente lo Que Comes” (Ed. Diana, Grupo Planeta, 2022) en el qual aprofundeix en l’impacte que els aliments i els hàbits de vida tenen en la salut mental.

La Dra. Mireia Valles-Colomer té formació en Microbiologia i Biologia Computacional (Universitat Autònoma de Barcelona, Espanya i Universitat Lliure de Brussel·les, Bèlgica). Després del seu doctorat a la Universitat de Leuven (Bèlgica), es va unir al Laboratori de Metagenòmica Computacional a la Universitat de Trento (Itàlia) com a investigadora postdoctoral d’EMBO. El proper setembre, començarà el Grup de Recerca del Microbioma a la Universitat Pompeu Fabra (Barcelona) com a líder de grup en una posició de tenure-track. La seva recerca se centra en el paper del microbioma humà en la salut mental i la transmissió del microbioma entre individus. Ha desenvolupat eines per caracteritzar la producció i degradació microbiana de compostos neuroactius en dades metagenòmiques i va realitzar el primer estudi a nivell poblacional sobre la relació entre el microbioma intestinal i l’ansietat i depressió de l’hoste (Valles-Colomer et al, Nat. Microbiology 2019). L’estudi va ser inclòs a “Nature milestones 2019” com un article destacat en la recerca del microbioma humà i va rebre una recomanació de F1000Prime. El seu treball sobre el paisatge de transmissió dels microbiomes intestinal i oral es va publicar recentment (Valles-Colomer et al, Nat. Microbiology 2022; Valles-Colomer et al, Nature 2023).

El Dr. Clotet es va doctorar en Medicina (1976) i va obtenir el seu doctorat (1981), amb una tesi sobre malalties autoimmunes, per la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB). Aquell mateix any, la seva pràctica com a especialista en Medicina Interna a l’Hospital Universitari Vall d’Hebron de Barcelona va coincidir amb el primer cas de sida denunciat a Espanya. Aquest cas va ser el catalitzador d’una trajectòria dedicada a aquesta greu malaltia, primer com a cap de la Unitat de VIH de l’Hospital Universitari Germans Trias i Pujol de Badalona (1987-2015) i després com a fundador i president de la Fundació Lluita contra la Sida (1992). ), que ara s’anomena Fundació lluita contra les Infeccions.

El doctor Clotet va veure aviat la necessitat d’anar un pas més enllà de l’atenció al pacient per dur a terme investigacions destinades a erradicar la sida. L’any 1995, amb el suport de “la Caixa” i del Departament de Salut de la Generalitat de Catalunya, va fundar l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa, que encara dirigeix. A més, el Dr. Clotet és també director clínic de Malalties Infeccioses de l’àrea Metropolitana Nord de l’Institut Català de la Salut, assessor científic de dues spin-off d’IrsiCaixa: Aelix Therapeutics SL i AlbaJuna Therapeutics SL i director de la Càtedra de Sida i Malalties relacionades a la Universitat de Vic (UVic).

Ha publicat més de 1000 articles en revistes internacionals d’alt impacte i les seves contribucions a la recerca han estat reconegudes amb la medalla Josep Trueta al Mèrit Sanitari i el ‘Premi Nacional de Recerca’, entre altres guardons.

Consultor en gastroenterologia, Teknon Medical Centre Barcelona. Membre del Comitè Directiu del consorci internacional del Microbioma Humà. President del patronat de la Societat Espanyola probiòtics i prebiòtics. Organització Mundial de Gastroenterologia.

Cap de Servei a l’Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Cap del Grup de Genòmica Microbiana de l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa, Badalona, ​​Catalunya, Espanya.

Metge especialista. Doctor en Medicina. Amb formació predoctoral al Brigham and Women’s Hospital Harvard Medical School. Duu a terme activitat assistencial ambulatòria amb consulta pròpia. En l’àmbit del pacient ingressat és interconsultor dels pacients amb infecció per VIH. Comparteix la seva activitat assistencial amb la recerca bàsica al laboratori de l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa. La seva línia de recerca inclou la genòmica microbiana en diferents perfils de pacients. És professor associat de Medicina de la UAB vinculat al Màster en Tractament i Patogènesi de la Sida i coresponsable del mòdul clínic.

Joël Doré ha estat treballant en microbiota durant 38 anys. És un líder internacionalment reconegut en microbiota humana.

Joël Doré, graduat d’Agro Rennes, amb un Màster en Estudis Avançats en Fisiologia Animal Aplicada. Es va unir a l’INRA a Clermont-Ferrand el 1983. Després va obtenir el seu doctorat a la Universitat d’Illinois a Urbana-Champaign, EUA, el 1988, amb una tesi sobre la microbiota del rumen, completada mentre era associat científic contractual a l’INRA. La seva investigació sobre la microbiota humana va començar quan es va unir al Centre Inrae a Jouy-en-Josas, el 1990. Des de 2010 fins a 2014, va ser subdirector de MICALIS, una de les unitats més grans de l’INRA (ara INRAE: Institut Nacional de Recerca en Agricultura, Alimentació i Medi Ambient de França).

Actualment és Director Científic de MetaGenoPolis, una unitat de l’INRAE creada el 2012 i finançada pel programa francès “Investissements d’Avenir”. La seva experiència en l’anàlisi del microbioma intestinal i les seves implicacions en la salut i la nutrició ha estat àmpliament reconeguda en la comunitat científica internacional. Joël Doré té com a objectiu contribuir a una millor comprensió de la simbiosi humà-microbis per a donar suport a les decisions terapèutiques en l’àmbit mèdic, així com a recomanacions basades en la ciència en nutrició i salut.

Isabel Gordo és investigadora principal de l’Instituto Gulbenkian de Ciência a Oeiras, Portugal.
Es va graduar en Física a la Universitat Tècnica de Lisboa (IST) el 1997 i es va doctorar en Genètica Evolutiva a la Universitat d’Edimburg el 2002.
La seva recerca postdoctoral es va dur a terme a l’Institut Gulbenkian de Ciência, on es va convertir en líder del grup de Biologia Evolutiva el 2004.
La seva recerca té com a objectiu una millor comprensió del que determina la diversitat i l’evolució dels microbis. Es presta especial atenció a l’estudi de mutacions de resistència a antibiòtics i la genètica de l’adaptació microbiana en microbiomes de mamífers.
Ha guanyat algunes beques competitives internacionals: per exemple, ERC Grant el 2010, Global Grant for Gut Health el 2019 i, recentment, l’ERC Advanced Grant el 2023. Va fundar la Societat Portuguesa de Biologia Evolutiva el 2014 i va ser elegida membre de l’Organització Europea de Biologia Molecular (EMBO) el 2017 i de l’Acadèmia Europea de Microbiologia (EAM) el 2020.

Gianluca Ianiro va obtenir el seu títol de metge el 2009 summa cum laude a la Universitat Catòlica de Roma. Es va especialitzar en gastroenterologia a la mateixa universitat. Actualment és gastroenteròleg al Centre de Malalties Digestives de la Fondazione A. Gemelli IRCCS i professor adjunt de gastroenterologia a la Università Cattolica del Sacro Cuore a Roma, Itàlia.

Des de llavors, s’ha establert com a un investigador clínic i translacional clau, centrant-se principalment en el camp de la microbiota intestinal, i ha rebut diverses subvencions de recerca en suport de les seves investigacions innovadores. La seva recerca actual es centra principalment en el diagnòstic del microbioma, en desxifrar les regles de la implantació del microbioma del donant i en investigar teràpies basades en el microbioma.

Des de 2002, la Dra. Chaysavanh Manichanh utilitza enfocaments metaòmics per a l’estudi del microbioma humà associat a trastorns. El 2006, Chaysavanh es va incorporar a l’institut VHIR de Barcelona com a investigadora principal per continuar la seva línia de recerca sobre el Microbioma Humà. Ha col·laborat amb els consorcis MetaHIT i IHMS per construir un catàleg integral de gens a partir del microbioma intestinal humà i desenvolupar procediments operatius estàndard (SOPs) i protocols per optimitzar la comparació de dades en el camp del microbioma humà. Amb aquesta experiència i la seva doble experiència en microbiologia molecular (Universitat de París VI, 2001) i en bioinformàtica (Llicenciatura a l’Institut Pasteur, París 2000), lidera al VHIR un grup de recerca multidisciplinari per desenvolupar eines moleculars, cel·lulars i bioinformàtiques per entendre el paper del microbioma en la salut humana i la malaltia.

La professora Siew Ng és professora al Departament de Medicina i Terapèutica, degana adjunta (Desenvolupament) i directora associada del Center for Gut Microbiota Research de la Universitat Xinesa de Hong Kong. És directora del Microbiota I-Center (MagIC). Va obtenir la seva llicenciatura en Medicina i Cirurgia a la Universitat de Londres i el doctorat (PhD) a Imperial College London.

És a l’avantguarda de l’epidemiologia, la genètica, la patogènesi i el tractament de les malalties inflamatòries de l’intestí a la regió de l’Àsia-Pacífic i a nivell mundial. Va ser pionera en la recerca sobre el paper de la microbiota intestinal en la salut i la malaltia, així com en la transplantació fecal de microbiota i en teràpies microbianes. També ha realitzat descobriments novedosos i significatius en la recerca sobre la COVID-19.

Ha publicat més de 300 articles en revistes internacionals, incloent Nature Genetics, Cell Host Microbes, Nature Communications i The Lancet. La seva feina de recerca ha guanyat més de 30 premis prestigiosos, com la Medalla d’Or i de Plata de l’Exposició Internacional d’Invents de Ginebra 2022, els Premis a la Producció Científica Destacada en Educació Superior del Ministeri d’Educació, el Sachar Visiting Professorship, el Premi i Professorat Sir Francis Avery Jones, la Beca de Recerca Mèdica Sènior Croucher i Investigadora Altament Citada per Clarivate el 2020 i 2021.

Natalie Silver MD, MS, FACS, és membre del personal de l’Institut de Cap i Coll de la Cleveland Clinic a Cleveland, Ohio, i exerceix com a Directora de Recerca en Càncer de Cap i Coll. La Dra. Silver és una cirurgiana-científica amb un laboratori de recerca translacional que estudia el microambient immunològic tumoral en el càncer oral. El seu laboratori es troba al Centre d’Immunoteràpia i Oncologia de Precisió de l’Institut de Recerca Lerner de la Cleveland Clinic. La Dra. Silver també és oncòloga quirúrgica de cap i coll, especialitzada en cirurgia ablativa i endocrina. La Dra. Silver va obtenir el seu títol de Medicina i el seu Màster en Biologia Tumoral a la Universitat de Georgetown, seguit d’una residència en otorinolaringologia-cirurgia de cap i coll. Va assistir al UT MD Anderson Cancer Center per a la seva formació de beca en cirurgia oncològica de cap i coll i recerca translacional. La Dra. Silver ha rebut diverses subvencions de recerca, incloent un premi K08 dels Instituts Nacionals de Salut (NIH). El seu laboratori es centra en el desenvolupament de vacunes terapèutiques d’ARNm per al càncer de cap i coll, i en explorar el paper de les bacteris intratumorals en els càncers de cap i coll.

El Dr. Ravel va obtenir el seu doctorat de la University of Maryland College Park en Microbiologia Molecular Ambiental i Ecologia, i va realitzar la seva formació postdoctoral com a becari de recerca nacional Ruth L. Kirschstein al Departament de Química de la Johns Hopkins University a Baltimore, MD, treballant en la química i bioinformàtica de productes naturals. Es va unir a l’Institute for Genome Sciences de la University of Maryland School of Medicine el 2007 com a Professor Associat. Prèviament, des del 2002 fins al 2007, va ser Investigador Auxiliar a l’Institute for Genomic Research (TIGR) a Rockville, MD, l’institut pioner on es va seqüenciar el primer genoma microbial.

El Dr. Jacques Ravel és Professor al Departament de Microbiologia i Immunologia i Director Interí de l’Institute for Genome Sciences de la University of Maryland School of Medicine a Baltimore, MD des de febrer de 2022. Durant els últims 18 anys, ha desenvolupat un programa de recerca centrat en l’aplicació de tecnologies genòmiques modernes i principis ecològics per caracteritzar el paper i les dinàmiques del microbioma vaginal en la salut de les dones. Utilitza enfocaments de genòmica clínica i biologia de sistemes per desenvolupar estratègies millorades per gestionar les condicions ginecològiques i obstètriques. Ha publicat més de 300 publicacions revisades per iguals. És el co-director (PI) del Centre de Recerca Col·laborativa finançat per NIH sobre Models Cervicovaginales Biomimètics 3D Humans per a Infeccions de Transmissió Sexual, que té com a objectiu desenvolupar un model biomimètic innovador del tracte reproductor inferior per estudiar aspectes de les infeccions de transmissió sexual (ITS), com la clamídia i la gonorrea, que no són assolibles en humans ni amb els models actuals d’animals o cèl·lules. El programa utilitza específicament enfocaments de biologia de sistemes per examinar la relació triangular entre la variació genètica humana, les infeccions de transmissió sexual i les infeccions causades per Chlamydia trachomatis i Neisseria gonorrhoeae, així com la funció del microbioma vaginal. A més, el seu laboratori estudia el paper del microbioma vaginal en la vaginosis bacteriana, l’embaràs i la prematuritat, així com la salut dels nadons. La seva recerca fonamental s’està traduint actualment en el desenvolupament de noves formulacions de biotherapèutics vius basades en el microbioma destinades a restablir la salut vaginal, tractar condicions com la vaginosis bacteriana i les infeccions del tracte urinari. El seu treball li va valer ser elegit Fellow de l’American Academy of Microbiology (AAM) el 2012, i el 2015, va rebre la Càtedra Internacional de Recerca Blaise Pascal i va passar dos anys a l’Institut Pasteur de París. És el fundador i Editor en Cap de la revista Microbiome (www.microbiomejournal.com), que ha aconseguit un factor d’impacte de 19.9 en els 10 anys des de la seva creació, i com a membre de l’AAM, és Editor Associat de la revista mBio.

Arnau Vich Vila (PhD) és biòleg computacional i investigador postdoctoral a la Katholieke Universiteit Leuven (Bèlgica). Va obtenir un Màster en bioinformàtica a la Universitat Autònoma de Barcelona i després va finalitzar el seu doctorat a Groningen (Paísos Baixos), on va investigar sobre el microbioma intestinal i el seu impacte en la salut i les malalties, amb un enfocament especial en malalties gastrointestinals com la malaltia inflamatòria intestinal (MMI). L’Arnau també ha fet contribucions significatives a la comprensió dels factors que modelen la composició de la microbiota intestinal, investigant les influències de la dieta i la medicació a través d’extenses cohorts poblacionals com la cohort LifeLines als Països Baixos i, actualment, el Projecte de Flora Intestinal Flamenca a Bèlgica. A més, els seus interessos científics actuals inclouen explorar el paper de la microbiota intestinal en les intoleràncies alimentàries i aprofundir en les implicacions metabòliques del microbi intestinal prim

Sara Vieira-Silva és professora associada al University Medical Center, JGU Mainz, directora adjunta de l’Institut de Biologia Mol·lecular (IMB) i membre de la junta directiva de l’Institut de Biociències Quantitatives i Computacionals (IQCB). Inicialment formada en biologia i biologia computacional (Lisboa, Portugal), va realitzar un doctorat en genòmica evolutiva microbiana, supervisat per Eduard Rocha a l’Institut Pasteur, París, França. Com a científica post doctoral (VIB-KULeuven, Bèlgica), va especialitzar-se en l’estudi del metabolisme microbià específic de l’entorn intestinal humà i el seu impacte clínic en l’hoste humà. Els seus principals interessos d’investigació es centren en la definició dels límits de la variació de la microbiota intestinal humana sana i el paper de la disbiosi en la malaltia, especialment a través de la promoció de la inflamació i el metabolisme microbià dels compostos bioactius. Combina la seva experiència en genòmica comparativa microbiana i ecologia evolutiva, amb el disseny experimental basat en hipòtesis en estreta col·laboració amb experts clínics. Adopta i desenvolupa enfocaments computacionals d’última generació per estudiar quantitativament la contribució de les comunitats microbianes associades a l’hoste, a la fisiopatologia i a la resposta a la teràpia, especialment en el context clínic dels trastorns antiinflamatoris i metabòlics.

El Prof. R.K. Weersma és gastroenteròleg i president del Departament de Gastroenterologia i Hepatologia al Centre Mèdic Universitari de Groningen als Països Baixos. La seva recerca i treball clínic se centren en les malalties cròniques mediades pel sistema immunitari del tracte gastrointestinal. Ha estat treballant en el paper de la genètica de l’hoste en la susceptibilitat a malalties i com les variants genòmiques identificades condueixen a malalties i la seva influència en el comportament de la malaltia. L’èmfasi recau en integrar dades de “multi-òmica” amb dades clíniques d’alta resolució mitjançant l’ús de biobancs tant basats en la població com específics de malalties. En els darrers anys, ha estat treballant en el paper del microbioma intestinal tant en la salut com en la malaltia. És un dels líders del Projecte del Microbioma Holandès i va cofundar el Centre del Microbioma de Groningen.